地上を巻き込んだドレイクの戦争から700年。オーラ・バトラーを初めとする機械の数々はバイストン・ウェルからほとんどその姿を消し、わずかにオブジェと化した遺跡が残るのみだった。
　その日、青年シオンは猟の帰りに、親しくしていたバランバランの村を訪れた。突然、オーラ・バトラー、ズワウスに乗った黒騎士ラバーンの部隊が来襲、バランバランに伝わる秘宝と王女レムルを奪おうとする。争いに巻き込まれたシオンはレムルや村人と共に捕らわれ、ラバーンの居城に連行される。人の生命力を吸い取る巨大オーラ・バトラーに乗せられたシオン。だが彼はオーラ・バトラーを御し、“聖戦士”の力を持つ者としてラバーンの目に適う。
　ラバーンに協力するつもりなどないシオンは、森で出逢ったフェラリオのシルキーに助けられ脱出、レムルを救出し、バランバランの秘宝の元に辿り着くが、ラバーンの部下、女戦士ベラーナが追撃して来た。“バランバランの秘宝”オーラ・バトラー、サーバインに乗り込むシオン。それは新たな伝説への第一歩･･･

　ズワウスとの戦闘から離脱したシオンとレムルは、砂漠地帯で砂虫に追われているところを“ロブン家騎士団”と名乗る一団に助けられた。彼らはシオンたちを居城まで案内すると、自分たちが伝説の“聖戦士”待ち続けていたと告げ、シオンに主君になって欲しいと訴える。だがシオンはまともに取り合わず、レムルと共に立ち去ろうとする。自分たちの言葉に嘘偽りはないと、レムルをさらうことでシオンを留まらせようとする騎士団。
　レムルを連れた騎士がユニコンを走らせている姿を発見したベラーナは、チャンスとばかりにレムルを奪取。しかしラバーンが彼女に心を奪われていることに嫉妬する彼女は、アリ地獄に巻き込まれたレムルを見捨てる。
　砂の中に落ちたレムルは、地下洞窟で砂虫に追われ絶体絶命。だがそこへロブン家を離れたシオンが駆けつけ、シルキーの手助けもあって救出する。
　その頃、シオンを追ってロブン家の城に現われたラバーンは、ズワウスで騎士たちを圧倒。サーバインのシオンが対抗するが、一瞬の隙をつかれレムルを奪われてしまう。

　ラバーン城の地下にはショット・ウェポンが棲んでいた。700年前に肉体が滅んだのちも存在し続けてきた彼の望みは、死ぬことのできない運命から逃れることだった。ショットはその生命に終止符を打つため、解放されたオーラロードを逆流させようと考える。オーラロードを逆流させれば、地上に戻れるか失敗しても滅びることができるからだ。
　シオンとラバーンを戦わせ、悪しきオーラを充満させようと画策するショット。
　一方、シオンはレムル救出のために、騎士団と共にラバーン城に乗り込む。暗躍するショットにも助けられながら、ついにラバーンとの対決に臨むシオン。捕らわれていたレムルは、シルキーの助けで解放されるが、目論みをラバーンによって暴かれたショットは、地上に戻るために発射しようとしていた核ミサイルを作動させる。だが、バイストン・ウェルと互いを守ろうとするシオンとレムルのオーラ力がサーバインを介して発動、ラバーン諸共ミサイルを破壊し、悪しきオーラを封じ世界を守る。