防衛隊の哨戒機に発見され、硫黄島基地に誘導されるショウのビルバイン。取り調べにあたった皆川司令官は、曾ての事件からある程度この状況に理解を持っていた。あの事件以降、自分たちが世界の人々に注目されていたことに驚きながら、各地に現れた仲間の情報を得、アメリカで交戦するマーベルの元に急行、合流に成功する。
更なる情報を集めるべくマーベルの親友の元を訪れた２人は、メディア報道をかき集めて大枠を把握し、コロンビア上空で戦うゼラーナへと向かう。だが折悪しくフロリダから飛来したトッドのビアレスがオーラの異様な増大を見せる。それでもマーベルとの連携でどうにかトッドを撃墜。ゼラーナ隊は再集結を果たす。

ショットたちが地上の部隊と小競り合いを続ける一方、ゼラーナはゴラオンやグラン・ガランと合流することを優先、衛星アンテナを手に入れてゴラオンとグラン・ガランを追ってヨーロッパ方面へと向かった。その行く手にショットの命を受けたゼットの小隊が現れる。地上の地対空ミサイルによって戦いは中断を見るが、更にビショット配下のガラミティ率いるビアレス隊に苦戦を強いられる。
この戦いで、地上世界では、オーラ・マシンにオーラによるバリアーが生じることを知るショウたち。戦闘の中、ニーたちが傍受した電波をゴラオンと判断した一同はゼラーナの進路を北へ定める。
一方、ショウにズワァースを撃破され、太平洋の波間を漂流していた黒騎士ことバーン・バニングスは、偶然近くを通りかかった民間船に保護されていた。しかし船員の心遣いにも彼の孤独と屈辱は癒されず、ただひとり涙を流すだけだった。

シベリアの上空でゼラーナは核の光を発見した。状況を確認するべく出撃したショウとマーベルは、ゴラオンが核攻撃を受けていることを知る。オーラ・バリアーによって核攻撃にも耐えるゴラオンだが、実は政府軍から来訪した青年将校特使トルストールが攻撃中止を求める中での出来事だった。
ショウたちと同じく核の光を確認したゼットと、彼に救助された黒騎士がゴラオンに肉迫。同着するショウたちとの戦闘に突入する。あくまでもショウを恨み、執拗に攻撃する黒騎士。なんとかゴラオンに飛び込んだショウとマーベルは、シーラたちが地上に降りていること、そしてトルストール自身が自軍から時間稼ぎとして利用されていたことを知った。
エレの高貴さに運命的なものを感じ、彼女のために何かしたいと考える貴族出身のトルストール。彼は軍司令部を説得しようと自らオーラ・バトラーを駆って出撃するが、黒騎士に撃破され命を落としてしまう。惹かれ合っていたエレが放った悲しみと怒りのオーラ力が黒騎士を封じ込める。全ては悪しきオーラの仕業……エレのほのかな恋がシベリアの空に散る。

トルストールを失った悲しみから自室に閉じこもるエレをエイブ艦長に任せ、ゼラーナは、アメリカ大手の通信機器メーカー“IBN”のニューデリー支社を訪れ、地上軍の包囲網に晒されつつもレーダー調達のための交渉を開始した。ゴラオンに積載されていた金塊で、最新のレーダーシステムと、軍事衛星をも傍受するシステム、メンテナンス要員として社員のチャーリーを手に入れることになんとか成功するショウたち。
一方、バーンは惨めな自分を嘆きながらも、民家から盗み出したラジオでダンバインとビルバインの動きを知り、黒騎士の仮面の元、改めてビショット配下のガラミティ隊に接触、オーラ・ボンバー、ガラバのテストを任されるが、故にゴラオン攻撃に向かうガラミティ隊を見送ることになる。
ガラミティのビアレス隊と壮絶な戦闘を展開するゼラーナ、ゴラオンの兵たち。その姿に自らの使命に気付くエレは、チャムの叱咤でトルストールへの悲しみを断ち、ゲア・ガリングに艦隊戦を仕掛けるべく、女王として閉じこもっていた部屋を出る。

消耗戦を続け疲弊するショウたち。ビショット軍との戦いを終えたゴラオンは、レーダーでグラン・ガランの動きをキャッチ、合流すべく移動を開始した。その様子をモニターしていたジェリル・クチビ。地上に出現してから本隊と別れた彼女は、ギリシア軍をオーラ力で取り込み、自分が味方であると思い込ませていた。ショウたちが地上を乗っ取ろうとする勢力だと偽って、軍部のアドバイザーにおさまっていたジェリルは、ゴラオンとグラン・ガランの合流を阻止するべく出撃。共に出撃したギリシア軍に「ジャンヌダルクの再来」と讃えられ、あくまで平和を望む「勇者」としてショウたちと衝突した。
ショウを圧倒するジェリル。そのオーラは邪悪に肥大化し、ついにオーラ・バトラー・レプラカーンごと巨大化してしまう。後に“ハイパー化”と呼ばれるその現象で、ショウのビルバインを追いつめるジェリルは、しかしあまりにオーラ力を肥大化させすぎ、ビルバインの渾身の一撃を引き金として自滅する。オーラの呪縛から解き放たれ、正気を取り戻したギリシア軍は撤退する。

グラン・ガランを手に入れようと図る地上軍は、その交渉役としてニジェンスキーをシーラに謁見させた。ニジェンスキーはグラン・ガランを包囲しているにも関わらず、共に協力したいと主張。彼の下心を見抜いたシーラが丁重に送り返そうとすると、ニジェンスキーは誠意だけでも見せたいと、時限式の小型核爆弾を仕掛けた衣装棚を手土産としてグラン・ガランに置いて去る。
グラン・ガランが地上軍に包囲されていると知ったショウたちは、立ちふさがるビショット軍を撃破し、ようやく合流を果たす。だがそこへオーラ・ボンバー、ブブリィを含むゼットのビショット軍が再来襲した。防戦に出るビルバイン。チャムたちの知らせで衣装棚の秘密を知ったマーベルは、危機一髪、ダンバインではるか上空の限界地点に運び上げた。爆発する核爆弾。爆弾を仕掛けた地上人、敵オーラ・バトラーが閃光の中に消える。だが、マーベルのダンバインはオーラ・バリアーに守られて生還を果たす。

トッドの小隊に発見されたグラン・ガラン。戦闘の最中、マーベルはダンバインごとトッドの手に堕ちる。ビショットの前に連れ出されるマーベル。それを見たルーザは、マーベルを人質にゴラオンとグラン・ガランを沈めようとビショットに提案した。
マーベルと引き換えに退艦要求を突き付けるビショット。一人思案するシーラは、自分とエレが投降すると見せかけ、ビショットが油断した瞬間に総攻撃を仕掛けてゲア・ガリングを落とすことを決意。しかしそれは、マーベルをも犠牲にする苦渋の策だった。
自分達を餌に、ギリギリまでゲア・ガリングを引きつけるシーラ、エレ。タイミングを計ったシーラの号令で一斉にゲア・ガリングに攻撃を仕掛ける連合軍。この時を置いてマーベル救出はないと、ショウは混乱に乗じてゲア・ガリングに突入。そこで、意外にも、卑劣なビショットの策に反発する黒騎士に助けられマーベルを奪還。形勢不利となったゲア・ガリングは後退する。

地上を巻き込まないために北海に移動したシーラ、エレ連合軍。しかしビショットは彼らを追わず、逆にシーラたちをおびき寄せるために地上に攻撃を加える。一計を案じたシーラたちは、ゲア・ガリングを揺さぶるべく、仲間割れを装ってショウをゲア・ガリングに投降させる。
ビショットは、ダンバインとの真に迫る戦闘や、もう戦いはうんざりだとする発言、そしてビルバインを提供するショウの態度に安心し始める。しかし疑いを持ち続ける黒騎士は、独自に調査を開始。ダンバインが墜落したであろう地点に何の痕跡もないことに疑念を抱き、投降が偽装だと見抜くと、ビショットの前でそれを暴いた。包囲されたショウは、持参したダンバインの首に仕掛けたリモコン式の爆弾で難を逃れ、リムルの援護を受けてビルバインでゲア・ガリングを脱出する。
ショウの作戦で煮え湯を飲まされたビショットは、報復の意味を込めてパリを攻撃した。ビショットに深い憎しみを抱いたショウは、無意識のうちにかつてのジェリル同様の悪しきオーラを発散、被害を拡大させる。仲間の声で正気を取り戻すが、壊滅したパリを目にし、自らの罪の重さを思い知るのだった。