防衛隊のヘリに囲まれたショウは、ひとまず防衛隊の基地へ投降する。しかしダンバインとバストールの戦闘で30万人の死傷者を出す結果となったショウは、防衛隊の司令官から敵対視され、果ては宇宙人だと決め付けられてしまう。世間体にこだわる母親は今も彼を息子だと認めようとせず、チャムまでが調査のために隔離されてしまった。
追っ手を振り切ったガラリアは、なんとか郊外に降り立ったが、空腹を満たすために老夫婦の弁当を奪うという惨めな境遇に陥っていた。自らを嘆き、バイストン・ウェルに呼び込まれた地上人の気持ちを理解するガラリア。だが、彼女の存在を恐れた人々の逆襲に遭い、その場から飛び立つしかなかった。
再び東京上空に現れるバストール。攻撃の様子を知ったショウは、チャムの助けで基地から脱出し、ダンバインでバストールの元に急行する。力を併せ、共にバイストン・ウェルに帰ろうとガラリアを説得するために。

バイストン・ウェルではエルフ城の攻防戦が続いていた。しかしショウを欠いたゼラーナとアの国の軍は苦戦を強いられ、ついにフラオン王は討たれ、エルフ城は陥落した。
一方、地上ではショウを説得するために、両親が彼の前に現れていた。だが母チヨは、自分の社会的立場から、あくまでショウを息子と認めようとせず、口論の末、わが子に銃を向けてしまう。絶望感に苛まれたショウは、地上界との決別を覚悟。俺は宇宙人だと叫び、現れたバストールに接触するため再び飛翔した。元から歪のあった家族だが、それでもショウは両親の立場を守ってやりたかった。チヨがようやくそれに気付いた頃、ショウはガラリアと合流。共にバイストン・ウェルに戻るべくオーラ力を増大させた。開かれ始めるオーラロード。しかしガラリアはオーラ力に耐えられず自滅、ショウただ一人が、地上界に取り残されてしまう。

ガラリアの死亡によりバイストン・ウェルへの帰還を断念したショウとチャム。オーラロードを開くにはショウひとりのオーラ力では弱すぎのだった。
しかしバイストン・ウェルでモンスターのズバダに襲われていたエレが強大な霊力でSOSを発したことがきっかけなのか、ショウたちはバイストン・ウェルへの帰還を果たす。タータラ城へ行く決心をしたショウは、フォイゾン王の元に戻るつもりはないというエレとパットフットを山中に残して城に帰還。そこでフォイゾン王から改めて“聖戦士”と認められ、“クリスタルの森”へとゼラーナ救出に向かう。
クリスタルの森では既に戦闘が始まっていた。キーンがフォウで、マーベルがボゾンで出撃する中、参戦するショウのダンバイン。ショウはジェリルたち３人の地上人を撃退するとマーベルのボゾンに接近した。その無事な姿に互いに安心するショウとマーベル。マーベルはボゾンから飛び出ると、空中でショウと固く抱き合った。

ドレイクに見限られたバーンは、ショットのいち部下に格下げされてしまう。これにはルーザの思惑があってのことと睨みつつ、ショットから与えられた試作オーラ・バトラー、レプラカーンで修理中のゼラーナ攻撃に向かう。
一方、技術者のドルプルと合流すべく“リアンの海岸”にある秘密工場に到着したゼラーナでは、ドレイク軍への夜襲を計画していた。
その動きを知ったバーンはフォウに潜み、ダンバインごとショウとチャムを拉致し、ガバの島で二人を拷問に掛ける。
ショウからオーラロードを開く方法を聞き出し、ショット以上の技術を手に入れると計算したバーンだったが、駆けつけたマーベルたちによりショウたちは救出され、バーンは撤退するのだった。

リムルは監視兵を買収し、グライ・ウイング、ミューでラース・ワウから逃亡した。しかしゼラーナに合流するつもりが、途中のゲシュタルの谷に不時着してしまう。そしてガロウ・ランの野党たちにつけこまれ、危機に陥る。
リムルの脱出を知っても大儀のために自らを律し動かないニー。彼の気持ちを察し、ショウとマーベルは出撃する。
秘密裏にリムル捜索に出ていたミュージィと、その父、兄弟は、リムルを捕獲したガロウ・ランを発見。頭領ゴド・オンを金で手なづける。
ショウはミュージィの乗ったビランビーを撃墜してリムルを奪還。その折、ビランビーで地表に落下したミュージィは、父を押しつぶしてしまう。ミュージィ姉弟が悲嘆にくれる一方で、ショウたちはゼラーナに戻り、リムルとニーは念願の再会を果たすのだった。

ゼラーナのクルーとして必死に手伝おうとするリムル。しかし純粋な彼女の思いに対し、ドレイクの娘という理由でショウもクルーたちも疑いの目を向ける。スパイではないかと疑われ、肩身の狭さを覚えるリムル。本来なら彼女を信じてやりたいニーだが、ドレイクの娘という事実はどうすることも出来ず、まして指揮官という立場もあって、つい冷たくも接してしまう。
そうとは知らないリムルはどうにか皆に認められたいと、キーンに頼みダーナ・オシーの操縦を覚えようと特訓を開始。
そこへ、ジェリルらが秘密工場に夜襲をかけようと接近。報告を受けたショウたちは急ぎ出撃した。これを機会と考えたリムルは、独断で出撃。命を賭けてクルーのために戦い、自らドレイク打倒の意思を示すのだった。その必死な姿に、ニーもクルーもようやく心をほぐす事となった。

仲間となったリムルも共に、ゼラーナで戦闘訓練が行われていた。その最中、キーンのダーナ・オシーがはぐれてしまう。リムルを奪い返すために飛行していたミュージィは、随行してきたフェイと共にダーナ・オシーを発見。攻撃を仕掛けるが、この機を生かしてゼラーナの居所を突き止めようと、撤退を装い追跡を開始する。
目論見通り発見したゼラーナに、夜闇に乗じて潜入するミュージィ。
一方、不寝番を買ってでていたリムルは、不審な動きを感じて独断で出撃する。
整備員の報告で、一歩遅れて出撃するショウたち。ゼラーナに潜入していたミュージィはその混乱に乗じてリムルを探すが、リムルは彼女の兄弟たちやフェイと交戦していた。
ミュージィが作戦の失敗を認識した頃には、既にフェイが撃墜され、撤退を余儀なくされてしまう。
リムルの単独行動に激怒するニー。彼はリムルを退艦処分にしようとするが、ショウやクルーの説得で鉄拳制裁のみでリムルを許すのだった。

フォイゾン王の作戦に従い、ドレイクの秘密工場をひとつずつ撃破していく任に付くゼラーナ。しかしショウはその地道な作戦にもどかしさを感じずにはいられなかった。
一方トッドは命の恩人ニクスと別れ、ショウに復讐するべくクの国に出向き、国王ビショット・ハッタに取り入る。リムル奪還を理由に早速出撃するビアレスのトッド。
２度目の秘密工場奇襲に出撃していたショウたちだが、先手を打たれアレンたちの罠にかかってしまう。待ち伏せたオーラ・バトラーに次々と襲撃され、追い詰められるショウ。だがとどめを刺そうとするアレンの前に現れたトッドは、ショウを倒すのは自分だとアレンを妨害。ショウとの一騎打ちに執念を燃やすトッドの悪しきオーラは、バイストン・ウェルの宇宙に２人を突入させてしまう。辛くもトッドを撃退するショウは、自らの焦りに気づき、改たな決意を胸にする。