ドレイクはビショットと手を組み、共にナの国侵攻を開始しようとしていた。そのことをフォイゾン王の遣いエイブ船長から聞いたニーらは、王から新たに贈られたオーラ・バトラー、ボチューンを得てナの国防衛に出撃する。
リムル奪還のため、ガロウ・ランをゼラーナに送り込んだトッドは、リムルの乗るダーナ・オシーに印をつけたとの報告を受けゼラーナを追う。その最中バーンと遭遇するが、彼が失脚したこと知り、共同戦線を了承、共にゼラーナを強襲する。
出撃するマーベルたち。まさかリムルが操るダーナ・オシーとは知らず撃墜してしまったバーンに激怒するトッド。やむを得ず一度撤退するが、体勢を立て直し再襲撃するトッドとバーンは、ショウ達より早く海上に漂うダーナ・オシーを発見しリムルを捕らえる。それでもショウへの復讐心が勝るバーンは海中でショウと壮絶な戦闘を展開。ダンバインの新型オーラコンバーターは海を割り、バーンはここに完敗を喫する。

ボンヤーの山中で慎ましく暮らしいてたエレとパットフット。それを知ったジェリルの手勢は、オーラロードを開く方法を聞き出そうと追い廻し、パットフットを殺す。
ナブロの要塞で補給を受けていたゼラーナの元へ逃げ込んでくるエレ。時を同じくしてやって来たホン・ワンの報告から、ドレイクとビショットの集結を阻止すべく、エレを乗せたゼラーナは出撃した。
ジェリルらと交戦状態に入るゼラーナ隊。その最中、エレは巨大で不吉な存在を感知する。それはドレイクの新型の巨大オーラ・バトル・シップ“ウィル・ウィプス”だった。エレの予感を信じ反転するゼラーナ。リムルを連れたビショット隊を収納したウィル・ウィプスがナブロの要塞攻撃に襲い掛かる。圧倒的な戦力差に防衛隊は防戦一方。援護に駆けつけるゼラーナ、そしてダンバインと衝突するトッドのビアレス。要塞陥落を予感し、エレはニーに撤退を勧める。だが、トッドとショウの戦いのオーラが膨れ上がり、光の球となったダンバインとビアレスはいずこかヘと飛び去ってしまうのだった。

オーラの異常により転移させられたショウは、気が付くと“嵐の壁”と呼ばれる赤い砂嵐が吹き荒れる異空間に居た。ショウはそこで、ガロウ・ランに追われるミ・フェラリオのエル・フィノを助け、彼女が付き添っていた美しい少女シーラ・ラパーナと出逢う。
高貴な身分であろうシーラの物の言い方に違和感を覚えながらも、共に脱出を図るショウ。が、少女を連れ去り褒美を得ようとしていたガロウ・ランが再び襲撃してきた。ガロウ・ランの操るモンスター・ルグウのブ厚い甲にダンバインは思わぬ苦戦。シーラはショウを探して彷徨っていたトッドを、ショウの仲間と勘違いしその場に連れてきてしまう。ショウ打倒の執念はトッドのオーラを増大させた。オーラ力はトッド自身をパワーアップさせ、ルグウを一刀両断、再びショウに襲い掛かる。
だがトッドを躱したショウは、シーラたちをコクピットに乗せ、一気に嵐の玉から脱出しミヤランの海岸近くでシーラを降ろし飛び立った。

エレが再び黒い影を感じた。フォイゾン王を覆う影が、ラウの山々、そして国々をも包むというのだ。その言葉を信じダンバインで出撃するショウ達はジェリル一党と遭遇。敵の無線から、ラウの国の危機を知ったショウたちは、ジェリルたちを敗走させゼラーナとともにフォイゾン王の元に急行する。自然要塞カラカラの谷に布陣し、ドレイク軍の迎撃準備にかかっていたフォイゾン軍目指して、いよいよ本格攻撃に出てくるドレイク軍。ショウたちは、自らオーラ・バトラーで前線に立つフォイゾン王と共に戦いに臨む。混戦の中、谷に侵入してくる旗艦ウィル・ウィプスの威容に気圧される一同。これを見て取ったフォイゾン王は、まだ未完成のオーラ・バトル・シップ、ゴラオンを発進させ、戦場の空気を一変させる。士気の上がるラウ軍にウィル・ウィプスも後退。しかし、このゴラオンこそが、エレが予見していた影だった。

ゴラオンが未完成であることを知ったドレイク軍が襲撃してきた。タータラ城を捨て、あくまでゴラオンで身軽な戦いを考えるフォイゾン王とは反対に、重臣は民衆のためにも城に残り城を守り抜きたいと踵を返す。その後ろ姿にエレは城の陥落を予言した。
ドレイク軍とフォイゾン軍は交戦状態に突入。タータラ城はエレの予感通り陥落、ウィル・ウィプスを叩こうとするショウたちも、無数のオーラ・バトラーに囲まれ身動きが取れない。フォイゾン王は自らボチューンで出撃し、単身ウィル・ウィプスの格納庫に侵入した。それを助けに向かったショウの目の前でフォイゾン王の乗ったボチューンはジェリルに撃破される。ショウのダンバインもトッドからの直撃を受けて危機に。が、シーラ女王から贈られた新型ウイング・キャリバーが飛来、ショウはダンバインから乗り換えると、オーラ・バトラー、ビルバイン体系に変形させ、味方の退路を開く。

フォイゾン王とタータラ城を失い、ナの国の国境へと撤退するゴラオン。だがビショット軍を加え戦力を増強するドレイク軍に対し、オーラ・マシンの生産工場であるラース・ワウを叩くことが効果的と一同は決断した。
ラース・ワウに到着したショウ、マーベル、チャムは、攻撃前にシルキー・マウ救出を決め、夜闇にまぎれて潜入を試みた。密かなジャコバの守護を受け、順調にシルキーの幽閉されている水牢を発見、封印を解き連れ出すことに成功する。
しかし途中、ショウが地上界から乗ってきたバイクを発見し、エンジンを始動させたために脱出が発覚。追撃部隊と戦闘となる。だが、ジャコバの霊力によってその場から水の国に招き寄せられる一同。厳しいフェラリオの規律を目の当たりにするショウに、ジャコバは、一刻も早く戦争を終わらせ、すべての機械をバイストン・ウェルから排除するよう要請する。

先行したゼラーナを追ってナの国へ向かう途中、ショウとマーベルは謎の黒いオーラ・バトラー、ズワァースの襲撃を受ける。辛くも撃退するが、強烈な憎悪のオーラを発するその存在に圧倒される二人。ウロポロス城に到着したショウは、女王シーラにビルバインを譲り受けた礼を正式に述べ、ジャコバの意向を伝える。
ドレイクから協力要請を受けたビショットは、ドレイクの妻ルーザと娘のリムルを城に招待することで自らの安全を図り、野望を実現するべく動き出す。
一方のドレイクは、やはりオーラ・バトルシップ、グラン・ガラン製造中のナの国を落とすのが先決と判断、足止めするゴラオンを無視してナの国への転進を図る。
阻止に参戦するゼラーナ隊とドレイク軍は戦闘に突入。黒いズワァースを操縦する強敵、黒騎士の出現で、更に膨れ上がる悪しきオーラ。激突するショウのビルバインとズワァースと共に、突如、謎のオーラが戦場全体を包む。

不思議なオーラに覆われながら、戦闘は今尚続く。互いを憎しみあう心が引き金となり、バイストン・ウェル全体に蔓延する悪しきオーラ。もはや一刻の猶予もないと考えたジャコバは、自らの全オーラ力を賭けて、バイストン・ウェルで争っていた全戦力を地上界へと転移させてしまう。
故郷へと飛ばされる地上人戦士達。世界各地の上空に出現するオーラ・シップ、オーラ・バトラー、そしてバイストン・ウェルの戦士。が、驚愕と恐怖におののく世界の人々が彼らを易々と受け入れることはない。戦士たちは自らの力で本隊を探すしかなかった。エレたちゴラオン隊、ショットのスプリガン隊は現状把握に努めるが、ショウ打倒に執念を燃やす黒騎士だけは、真っ先にショウの居所を見つけ出し攻撃を仕掛ける。
周囲に被害が及ぶのを恐れ回避を試みるショウだが、尚も襲い掛かる黒騎士に応戦を余儀なくされ、なんとかズワァースを海中へと撃墜する。もはや何もかもが予測不能の事態に、昇り来る陽光に反し、ショウの心は沈む。