海と陸の間にある世界“バイストン・ウェル”。モトクロッサー志望の青年ショウ・ザマは、その夜、突然、仲間たちの目の前から消え去り、“オーラロード”を通ってバイストン・ウェルへと召還される。それは“アの国”の地方領主ドレイク・ルフトの仕業だった。野望を抱く彼は、地上人ショット・ウェポンがもたらした科学技術によって作られた人型兵器“オーラ・バトラー”を操縦する力、“オーラ力”を持つ地上人を“聖戦士”として欲していたのだ。

　 中世を連想させる騎士や城が存在し、フェラリオ(妖精)が暮らす、地上とはまったく異なるこの世界が、ドレイクによって支配されようとしている事実を知らされたショウは、抵抗勢力であるニー・ギブンたちと行動を共にすることを決意する。オーラ・バトラー・ダンバインを駆り、フェラリオのチャム・ファウや地上人マーベル・フローズンと共に着々と勢力を伸ばすドレイク軍に戦いを挑むショウ。だが、ドレイク軍の作戦指揮官だったバーン・バニングスは、己の地位を脅かしたショウに復讐の念を抱き、幾たびも襲いかかってくる。

　 戦いの最中、ショウはオーラの増大によって敵の女戦士ガラリアと共に地上世界へ飛ばされてしまった。地上で増幅するオーラ・バトラーの戦いは、ショウの故郷である東京に甚大な被害をもたらし、両親からも敵視された彼は、もはや自分の居場所は地上にないと悟る。辛くもバイストン・ウェルに帰還できたショウは、“ナの国”の女王シーラ・ラパーナと出会い、新たなるオーラ・バトラー・ビルバインを得て、改めてバイストン・ウェルを救い得る英雄“聖戦士”として認められる。

　 だが、強大化の道を辿るドレイク軍の力に、バイストン・ウェルに悪しきオーラが蔓延することを危惧したフェラリオの指導者ジャコバ・アオンは、その全能力を使ってオーラロードを反転させ、争いに参加するすべての勢力を地上界に追放してしまう。ショウたちとドレイク軍は地上に甚大な被害を出しつつ、絶望的な消耗戦を展開していく。それはやがてオーラ力の暴走“ハイパー化”を招き、悪しきオーラを地上に蔓延させてしまった。

　 だが、悲劇的な方向へ突き進む両軍の争いは、ニーがドレイクを討ち、悪しきオーラの根源である黒騎士バーンと、聖戦士ショウが刺し違えることでようやく相殺、終結する。シーラによるオーラの浄化を経て、オーラ・マシンは地上から消滅した。ただ一人、地上に残されたチャム・ファウは、人々に聖戦士とバイストン・ウェルの物語を伝えるのだった･･･。